Como todo el resto del tráfico que pasa por Facebook, está cifrado TLS, por lo que los rastreadores no podrían ver el video.
Personalmente, no creo que Facebook almacene videollamadas debido a los recursos limitados, pero siempre tome estas cosas con una pizca de precaución. Si comparte datos confidenciales a través de videollamadas, intente buscar un servicio cifrado de extremo a extremo.
Sin embargo, almacenar metadatos requiere casi ningún espacio, por lo que puede suponer que almacenan al menos algunas cosas, como a quién llamó, por cuánto tiempo habló, marcas de tiempo, etc. Es solo unos pocos bytes de datos, se necesita nada para que almacenen y la información es poder.