En respuesta a la pregunta, no hay una forma global de detener el acceso a los archivos locales para TODOS los navegadores a través de la barra de direcciones o mediante un enlace web.
Sin embargo, es posible que pueda bloquear estos enlaces a través de su AV o software anti malware. Como muchos tienen opciones de estilo de lista negra.
Con IE, ya que está basado en Windows, puede haber formas de editar el registro o usando la Política de grupo local.
Una pequeña nota de precaución. Al bloquear el acceso a archivos locales puede causar algunos problemas menores de usabilidad. Como descargar un PDF y luego intentar ejecutarlo en un navegador (por ejemplo, Chrome).