Los GUID en los archivos de proyecto y solución se generan cuando creas los archivos de proyecto y solución, por lo que copiar la fuente y recompilar en otra máquina probablemente no cambiará los GUID (no lo he probado, pero supongo que sí » Solo cambiaré cuando muevas cosas en Visual Studio).
Además, no creo que esos GUID terminen en el ejecutable final, debería preocuparse más por los GUID definidos en la fuente, principalmente en Propiedades / AssembyInfo.cs (pueden definirse en otra parte, pero ahí es donde Visual Studio los pone por defecto). Estos GUID no cambian si no los reemplaza explícitamente, por lo que si crea un proyecto de código abierto, no es posible rastrearlo en su computadora, por ejemplo, el GUID de la biblioteca de tipos de ensamblaje.
Dicho esto, ¿quién sabe qué está agregando el compilador .Net como metadatos adicionales? ¿Es posible que genere GUIDS para la comparación de versiones entre los archivos PDB y el ejecutable (sin embargo, supongo que es más probable un hash)? La mejor manera de probar esto es construir el mismo proyecto en dos máquinas y luego comparar los binarios.
Fuera del tema: no ser inquisitivo, pero tengo bastante curiosidad acerca de la preocupación?