Respuestas rápidas
Las respuestas más rápidas son: "defensa en profundidad" y "plan para el fracaso"
Tienes protecciones en su lugar, pero ¿qué pasa si fallan? ¿Qué sucede si un atacante encuentra una manera de usar un método que no anticipó? Desde estas perspectivas, entonces, sí, rkhunter es necesario.
Pero luego empiezas a preguntar: "¿cuándo dejar de agregar más protección?"
Respuestas correctas
Hay un cálculo que debe realizar sobre cuáles son los riesgos y qué tan probables son, cuáles son los costos si se realizan esos riesgos y los costos de mitigar esos riesgos. Cada pieza de protección que instale debe mantenerse y actualizarse, lo cual es un costo. Si esos costos son más bajos que los costos de tener un incidente, entonces vale la pena. Si no, estás gastando más de lo que estás protegiendo. Este cálculo rápido es cómo determina, "¿es necesario?"
Otras opciones
Puede haber otras consideraciones más importantes, dependiendo de su situación. ¿Explotación florestal? Copias de seguridad? Cifrado? ¿Facilidad de volar el servidor y reconstruir a partir del bien conocido? ¿Firewalls de aplicaciones web? ¿Diseño seguro de aplicaciones web (aparte de entradas)? Obtener una buena revisión por parte de un tercero de su entorno completo podría resaltar los componentes importantes de más .
Espero que estas ideas ayuden.