Los diferentes sistemas operativos utilizan diferentes tipos de archivos y sistemas de archivos. ¿Hace una diferencia en un análisis de virus en qué sistema se está ejecutando y qué tipo de malware está buscando? Le pregunto porque la forma en que se archivan los archivos puede ser diferente, por ejemplo, la apk de Android está en un archivo. ¿Un programa como Windows Defender (que se ejecuta en Windows) sabría cómo examinar el contenido?
En casos simples, un AV no tendría un problema, por ejemplo, un AV que se ejecuta en OS X y el malware que llega como un .exe provocaría una señal de advertencia, pero ¿qué pasa con un RPM infectado en Windows? Windows ni siquiera sabe cómo manejar los RPM, ¿por qué no tendría sentido escanear dichos archivos con la esperanza de no transferirlos a una máquina Linux?
EDITAR: He visto algunos AV con la opción de escanear dentro de archivos, por lo que esto implica que el AV tendría que saber cómo abrir correctamente el archivo. ¿Pueden los virus esconderse dentro de los archivos que el AV no sabe cómo manejar? Si un archivo está protegido por contraseña (es decir, encriptado), ¿hay algo que AV pueda hacer?