¿Puedo confiar en el software de código cerrado de Boxcryptor? Cifrado de archivos para hoster de nube.

Esa es una decisión de juicio que tendrá que hacer por sí mismo, pero su descripción técnica tiene lo que Considero una gran bandera roja:

  

Qué datos se almacenan en el servidor de claves de Boxcryptor

     

    

Clave RSA privada (cifrada con la contraseña del usuario)

  

El hecho de que su clave privada se almacene en su servidor, incluso si está cifrada con su contraseña, debilita enormemente la seguridad. Significa que, en el mejor de los casos, la seguridad es tan fuerte como su contraseña, en lugar de ser tan fuerte como el cifrado subyacente.

El almacenamiento de la clave privada cifrada en sus servidores mencionada por Mark es opcional; puede elegir usar Cuenta y distribuye las claves tú mismo.