¿A qué profundidad del orificio del conejo quieres ir?
Para malware a nivel de sistema operativo: Claro, limpiar el disco duro está bien. Para estar más seguro, sobrescriba todo el disco duro con 0s manualmente usando una herramienta de borrado seguro.
Para malware a nivel de hardware / firmware: Bueno ... no. Estas cosas se encuentran en el firmware real de su PC y reinfectarán su disco duro cada vez.
Para el malware de nivel de periferia: Ahora este es un agujero mucho más profundo para bucear que el nivel del sistema operativo y no es tan malo como el nivel de firmware, pero lo esencial es que algo más en la red es infectado, y te infectará también. Esto ocurre con más frecuencia con los enrutadores, pero si este tipo de ataque ya estuviera ocurriendo, se verían redirecciones de página extrañas, configuraciones de DNS impares y mal comportamiento en toda la red.
Ahora fuera de la verdad del asunto:
Probablemente solo tengas malware a nivel de sistema operativo, si es que hay alguno, que sea fácil de arreglar. Solo reformatear, borrar, borrar y reinstalar. ¡Diviértete!