No puede explicar bien su pregunta, por lo que es mejor manejarla como dos preguntas separadas.
- ¿Cómo puedo proteger mi computadora de Zeus Trojan?
- ¿Cómo puedo saber si mis páginas web desarrolladas están infectadas?
[1] Como acabo de decir, use el software Anti-Virus / Malware, actualícelo regularmente y programe al menos análisis semanales para cada computadora.
Asegúrese de que todo el software de su sistema y el sistema operativo se actualicen periódicamente.
Use las herramientas de navegación segura / extensión del navegador como NoScript, Adblock, WOT y lea más sobre lo que pueden hacer estas herramientas, esto también aumentará su conocimiento acerca de los problemas de seguridad web.
[2] Hay muchos servicios en línea disponibles que pueden escanear un sitio en busca de códigos maliciosos simplemente proporcionando el enlace al sitio (URL)
enlace
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y así...
Si es lo suficientemente bueno, puede desarrollar por sí mismo una herramienta que automatice el proceso de escaneo utilizando API específicas proporcionadas por Google o Sucuri, por ejemplo.