Puedes editar lo que quieras con un editor hexadecimal. Hay formas de "ocultar" archivos completos, pero tan pronto como pueda hacerlos visibles y abrirlos con un editor hexadecimal, no hay formas de hacer que partes de un archivo sean invisibles.
Lo principal en la edición de imágenes significa que necesitas trabajar dentro del marco de lo que estás cambiando. Supongamos que edita una imagen BMP simple y "cambia" su tamaño de 10x10 a 20x20. Funcionará"? No: está cambiando el tamaño de la imagen pero no la imagen real, y ningún programa puede volver a leer su imagen BMP modificada, ya que espera una imagen de 20x20 ahora.
Sin embargo, si solo cambia el color de un píxel dentro de la imagen, entonces no hay problema. Los archivos BMP no contienen una suma de comprobación, por lo que su archivo modificado se leerá correctamente.