¿Es posible que un virus o malware pueda escanear un disco duro para encontrar documentos de identificación, etc. y subirlos?
Si un virus o malware ha infectado tu computadora puede acceder a cualquier documento en sus discos duros y posiblemente enviarlos a algún lugar. Esto por supuesto incluye cualquier documento de identificación. Incluso si estuvieran cifrados, el virus podría acceder a él, solo así el destinatario no podría entenderlos.
Aleatoriamente, algunos archivos antiguos se volvieron a cargar en Dropbox sin ninguna actualización o modificación.
¿Un virus los interceptó de alguna manera y solo a ellos?
Como se explicó anteriormente, un virus que ha infectado tu computadora ya tiene acceso a esos archivos. Por lo tanto no hay necesidad de interceptarlos. Sin embargo, asumiendo que su computadora no está infectada y solo le preocupa un posible "ataque": Dropbox usa una conexión segura y, por lo tanto, esos archivos no deben ser filtrados al mundo exterior de esta manera.
En cuanto a por qué Dropbox volvió a cargar tus archivos, esta pregunta parece más apropiada para Dropbox o sus usuarios.