VPN (y otras comunicaciones seguras en general) que se basan tanto en el cifrado asimétrico como en el simétrico no funcionan como usted describe.
NO cifras simétricamente los datos originales y luego los cifras asimétricamente de nuevo. Lo que debe hacer es usar criptografía asimétrica para acordar la clave simétrica, y luego usar la clave simétrica para cifrar los datos. Se hace así principalmente porque los cifrados simétricos son más rápidos. Mucho mas rápido. Por lo tanto, utiliza el cifrado asimétrico solo para enviar datos pequeños: la clave simétrica.
Una implementación muy simple podría ser que el cliente elija una clave simétrica por sí mismo y la encripte con la clave pública del servidor. Tenga en cuenta que el cliente tiene la clave porque la generó, y el servidor la tiene usando su clave privada para descifrarla. Nadie más podrá descifrarlo, porque solo el servidor posee la clave privada. Por supuesto, los esquemas reales se vuelven un poco más complicados para evitar ataques más complejos, pero este ejemplo ya mitiga el ataque que está describiendo.
Entonces, si rompe el cifrado asimétrico, no obtiene los datos, sino la clave simétrica. Y con la clave simétrica obtendrás los datos. Pero eso está bien, ya que no es fácil romper el esquema asimétrico.