No especificaste, así que asumiré que estás ejecutando Windows. El consejo aquí se aplica a todos los sistemas operativos, pero los detalles específicos varían un poco.
Skype, como una gran cantidad de otras aplicaciones, sitios y servicios, utiliza sesiones de inicio de sesión de larga duración que se almacenan en su cuenta de usuario. A menos que un atacante pueda sentarse frente a una sesión iniciada en su computadora, o hacer que ejecute software malicioso dentro de su cuenta de usuario o como Administrador, esas sesiones son seguras. Otro usuario en la misma computadora no tendría acceso a sus sesiones (a menos que sean ellos mismos un Administrador, y posiblemente ni siquiera entonces, dependiendo de cómo se almacenan las sesiones y si alguna vez ambos han iniciado sesión a la vez); si lanzaran Skype, les pediría una contraseña (si no la habían usado antes en esa cuenta de computadora) o reanudarían su propia sesión.
Si le preocupa que alguien más tenga acceso a esas cuentas, la primera línea de defensa es evitar que personas en las que no confíe tengan acceso físico a su computadora. La seguridad física está fuera del alcance de Security.SE, así que solo mencionaré que, si la computadora es algo portátil y le preocupa que (o su disco duro) pueda ser robado, busque el uso de cifrado de volumen completo ( como la función BitLocker de Windows) para que el ladrón no pueda recuperar ningún dato.
La siguiente línea de defensa (ya menudo la más importante) es su cuenta de usuario en la computadora. Asegúrese de que tenga una contraseña segura y cámbiela si espera que alguien en quien no confíe la haya visto. No haga algo tonto como ponerlo en una nota adhesiva en su oficina o use una sugerencia de contraseña realmente obvia (o cualquier sugerencia). Asegúrese de que la computadora esté configurada para bloquear su sesión después de unos minutos de inactividad (10 o más) generalmente está bien, y cuando se reanuda el modo de espera, y ciérrela cuando salga de la sala, ya que existe la posibilidad de que alguien más tome el control. posibilidad de usarlo (el acceso directo para bloquear su sesión es WinKey + L, o puede usar Inicio o Ctrl + Alt + Supr y seleccionar Bloquear). Si su máquina tiene Bluetooth, también puede vincular su teléfono con la computadora y configurarla para que se bloquee automáticamente cuando su teléfono se encuentre fuera del alcance (que es cuando se encuentra a una distancia aproximada de 30 pies).
Si comparte la computadora (con personas en las que no confía por completo), lo más importante es asegurarse de que todos los demás usen una cuenta de usuario diferente a la suya (cada una podría tener su propia cuenta o podría todos usan una sola cuenta de invitado, o en algún lugar intermedio). Asegúrese de que ninguna de las personas menos confiables tenga una cuenta de nivel de administrador (de hecho, concédales la menor cantidad de privilegios posible). En una situación como esta, asegúrese de que especialmente bloquee siempre la computadora (o cierre la sesión) al cambiar de usuario. (La función "Cambiar usuario" de Windows bloquea automáticamente su sesión).