RSA es un nivel demasiado bajo para los usuarios y la mayoría de los programadores de aplicaciones, nunca implemente un esquema de cifrado utilizando RSA usted mismo. Hay demasiados escollos que harán que su encriptación se vuelva inútil al usar RSA simple.
En su lugar, solo usa algo como GnuPG (que usa el formato OpenPGP):
gpg --output encrypted.gpg --encrypt --recipient avigaga plain.txt
y descifrar:
gpg --output plain2.txt --decrypt encrypted.gpg
También hay herramientas de GUI para los principales sistemas operativos si lo haces a menudo y si así lo prefieres.
OpenPGP usa RSA y AES, pero los ha combinado de manera segura, por lo que no tiene que combinarlos usted mismo, por lo que evita los inconvenientes de tratar de combinarlos de forma insegura.