Sí, un virus puede hacer casi cualquier cosa que quiera, incluida la captura o simulación de pulsaciones de teclas y movimientos del mouse.
Sin embargo, algunas tecnologías tienden a hacerlo más difícil bajo ciertas condiciones. Por ejemplo, en Windows, la secuencia de teclas Ctrl + Alt + Supr se maneja de una manera muy específica, además, algunas aplicaciones aprovechan la para ingresar información privada como contraseñas, que está diseñada precisamente para evitar que los procesos de otros usuarios interactúen con esta entrada segura.
Sin embargo, dado que al final cualquier entrada es manejada por algún software, un malware suficientemente avanzado que logró obtener el privilegio más alto en su máquina (la cuenta SYSTEM ) estará en medida para eludir incluso estas protecciones.