Depende. Si utiliza una VPN privada, no tendrán forma de detectarlo. Por ejemplo, si su empresa posee una VPN privada para permitirle acceder a su red interna, y si la usa y luego se conecta al servicio bancario a través del proxy corporativo, el servicio bancario solo verá una conexión del proxy corporativo de su organización, que no es una sorpresa, y no hay manera de saber más.
Las cosas son diferentes si usa un proxy público bien conocido. Las direcciones IP salientes de esos servidores proxy pueden ser conocidas, por ejemplo, se publican los puntos finales de TOR. En ese caso, el servicio bancario no tiene forma de saber su dirección IP real ni dónde se encuentra, pero puede saber que está ocultando eso detrás de una VPN. Como es lo que haría la mayoría de los atacantes para limitar el riesgo de ser atrapado, podría ser suficiente para que el servicio bancario lo considere sospechoso y requiera un procedimiento de autenticación adicional o rechace la conexión.
Para usar una analogía de la vida real, usar una VPN pública para conectarse a su banco en línea no es diferente de esconder su rostro detrás de una máscara para ingresar a su oficina bancaria física. Y no estoy seguro de cómo reaccionará el guardia ...