Aparte de los sandboxing y los AV, si quisiera ver / monitorear manualmente mi sistema en el lugar donde normalmente ingresan, dónde podría buscar posibles actividades / virus Java maliciosos, por ejemplo, ¿se mostrarían por primera vez en el Administrador de tareas o archivos temporales ?
¿Hay alguna herramienta para esto?
El monitoreo manual de cualquier tipo de Malware no es exactamente práctico (incluso en una sola computadora, y mucho menos en cualquier entorno empresarial). Además, la respuesta a esa pregunta dependerá de a qué sistema operativo se refiera.
Voy a asumir que estás usando un sistema operativo Windows. Si está realmente decidido a realizar algún tipo de búsqueda manual, ordene por fecha de modificación y busque en los directorios que son comunes en todos los sistemas (archivos del sistema, usuario actual, archivos de programa, etc.).
En cuanto a las vulnerabilidades de Java, solo manténgase actualizado sobre las notificaciones de exploits y mantenga su JVM actualizada.