¿Puede una aplicación deshonesta secuestrar una sesión ssl de otra aplicación en el mismo teléfono?

Sería posible. La aplicación podría actuar como un proxy ssl. Por ejemplo, si tuviera que navegar a google.com, la aplicación de proxy ssl recuperaría el certificado ssl de googles. El proxy ssl le suministraría su propio certificado de CA generado. Esto generaría una advertencia ssl en su navegador. Sin embargo, si la aplicación instalara su propio certificado ca generado para certificados raíz de confianza, no mostraría ningún error ssl. Por lo tanto no detectarías que tu conexión fuera secuestrada. En cuanto a los casos documentados no he visto nada como esto. No sé lo suficiente sobre el sistema operativo Android para evitar esto, pero estoy seguro de que habría formas.

Agregando a lo que Tim dijo, creo que estás completamente seguro siempre y cuando la fijación del certificado se haga correctamente y el sistema operativo del teléfono sea "confiable" (si el teléfono está rooteado, todas las apuestas están desactivadas).