Como dice Mark, es un tema extremadamente amplio. La gente ha escrito toda la página 500 libros sobre el tema. Sin embargo, el mejor consejo para alguien después de una infracción es:
- Realice una copia de seguridad de todos sus datos y vuelva a instalarlos. No intentes simplemente limpiar tu sistema. Los kits de raíz se pueden ocultar muy bien y no querrá perderse ninguno.
- Cuando vuelva a instalar, cambie todas sus contraseñas (en caso de registradores de claves, etc.) y elija las seguras. [1]
- Asegúrese de mantener su software actualizado. Se encuentran nuevas vulnerabilidades todo el tiempo y es importante parchearlas.
Debido a que es una computadora portátil, la otra cosa que agregaría es que si alguien tiene acceso físico, pueden hacer cualquier cosa a menos que esté encriptada e incluso si ya está encendida y desencriptada, es posible que la encriptación no ayude mucho.
[1] Personalmente me gustan las contraseñas de estilo xkcd y un La contraseña es segura pero la mejor práctica con las contraseñas es comenzar una guerra santa.