De wikipedia, las últimas versiones de MS Office utilizan el cifrado AES de 128 bits.
En cuanto a los PDF, este enlace de Adobe muestra la versión de Acrobat y PDF, indicando,
Establece el tipo de cifrado para abrir un documento protegido por contraseña. Si elige la opción Acrobat 3.0 y versiones posteriores (PDF 1.3), se utiliza una seguridad de bajo nivel de cifrado (RC4 de 40 bits). Si elige Acrobat 5.0 y versiones posteriores (PDF 1.4) o Acrobat 6.0 y versiones posteriores (PDF 1.5), se utiliza un alto nivel de encriptación (RC4 de 128 bits). Al elegir Acrobat 7.0 y versiones posteriores (PDF 1.6), se encripta el documento utilizando el algoritmo de cifrado AES con un tamaño de clave de 128 bits. Acrobat X y más adelante (PDF 1.7) encripta el documento utilizando AES de 256 bits.
Y si desea más información, este artículo de wikipedia es muy detallado.