Como un Servicio de respuesta a incidentes, siempre debe tener mucho cuidado con los supuestos que hace cuando está en un sistema. En ese sentido, sus preguntas son bastante pertinentes.
Sin embargo, también ejerce su juicio (en algunos casos, quizás de forma incorrecta) sobre la cantidad de atención que se requiere en un caso particular. Hay límites sobre lo que puede hacer con los sistemas alojados en la nube pública. Intenta trabajar con esos límites (como no poder arrancar desde un CD); y encontrar soluciones donde sea posible. por ejemplo, si no necesita análisis forense en vivo, puede crear su propia "imagen de arranque confiable con herramientas confiables", iniciar desde esa imagen, adjuntar los discos en cuestión e investigar. Este es prácticamente el mismo principio que llevar sus propios discos de arranque (CD o unidades USB). Hago esto de manera predeterminada solo cuando estoy trabajando en servidores altamente sensibles, donde es probable que los adversarios estén altamente capacitados.
En todos los demás casos, tomo la ruta más eficiente / pragmática, como sugiere @ john-deters.
Live Forensics es un poco más resbaladizo. No hay consejos fáciles allí. Podría montar un disco con sus propias herramientas (en realidad, en muchos casos lo hace) pero eso conlleva sus propios riesgos.
Finalmente, si va a instalar herramientas de IR remotas (como GRR por ejemplo), solo puede tomar precauciones al instalar las herramientas. Como medida de precaución adicional, debe crear una alerta de integridad de archivo (para esto necesita registro remoto) para asegurarse de que el paquete GRR no esté alterado de ninguna manera. Si eso no se activa, es probable que (sí, probablemente no) en un terreno firme al iniciar sesión para IR de forma remota.