Supongo que los archivos jar de Java pueden revertirse al código fuente y quiero evitar que suceda eso fácilmente. Lo que hice fue convertir el archivo jar en un archivo exe nativo de Windows usando launch4j.
Dado que el programa Java ahora se ha compilado en lenguaje de máquina nativo, ¿es seguro decir que sería casi imposible realizar una ingeniería inversa del código fuente?
Debes investigar la ofuscación de código, porque eso es lo que quieres.
La ofuscación del código nunca lo impedirá por completo y permítame decirle que es imposible evitar que un programa tenga ingeniería inversa. Pero el ofuscado del código detendrá a la mayoría de los chavales de secuencias de comandos y hará que sea al menos más difícil aplicar ingeniería inversa a su aplicación.
Hay muchos de esos ofuscadores y se basará en la opinión para decirte cuál es el mejor o el mejor.
Así que esto es lo que debes hacer:
Aquí hay un enlace SO que podría Ayudarte a empezar.