En última instancia, no hay ninguna diferencia: ambos "tipos" de cifrado terminarán ejecutando algún software sobre algún hardware, por lo que este es principalmente un argumento de marketing.
Cómo funciona exactamente una pila de cifrado depende, por supuesto, de un caso a otro y es muy importante revisar los detalles.
Por ejemplo, algunos discos duros implementarán alguna capa de cifrado en el BIOS de su controlador que forzará que todas las escrituras realizadas en el disco pasen por esa capa de cifrado, sin importar a qué computadora está conectada el disco. Sin embargo, se puede lograr lo mismo sin ningún soporte directo del hardware mediante el uso de cifrado de disco completo.
Ambos "tipo" de solución suelen tener las mismas prestaciones, ya que las CPU modernas son lo suficientemente rápidas para procesar las transmisiones de encriptación / descifrado más rápido que la velocidad de lectura o escritura de las unidades SSD incluso más rápidas (es decir, la encriptación no es el cuello de botella).
Generalmente, todas las soluciones ofrecerán aproximadamente el mismo algoritmo; con frecuencia, AES en modo CBC con un difusor: es estándar, está libre de regalías, se comprende bien y tiene propiedades de seguridad conocidas. El elemento más importante a considerar cuando se busca una solución de cifrado de disco es la administración de claves: cómo se generan, almacenan, acceden y administran las claves de cifrado. Aquí es donde el cifrado basado en "software" generalmente brilla: tener acceso a un entorno "más rico" (especialmente si hay algún soporte de sistema operativo o acceso a hardware especializado instalado en la máquina, como un chip TPM) que puede llevar a una mejor experiencia y una gestión de claves más segura.