Esto depende del contexto, por supuesto, pero en general, dejar una cuenta ayuda con la rendición de cuentas y, como mencionó Matthew, con pistas de auditoría. Imagine el escenario donde se forman los nombres de usuario de la primera letra del nombre y el apellido completo, John Smith se convierte en "jsmith", pero John decide abandonar la empresa y poco después de que sea reemplazado por Jane Smith, su nombre de usuario sería "jsmith" también. Preservar al usuario anterior detendría una suplantación accidental, lo que también puede no ser accidental en todas las situaciones.
Otra situación puede ocurrir si el proceso de eliminar un usuario eliminó todo lo vinculado a ese usuario, recientemente Gitlab lo pasó mal en parte porque un usuario del personal fue marcado para su eliminación y en el proceso se eliminó una base de datos importante, en este caso la decisión de eliminar un usuario fue costosa.
En general, si existe incertidumbre sobre lo que sucedería al eliminar un usuario, la mejor opción es deshabilitarlo en lugar de eliminarlo. Así que sí, aunque hay consideraciones de seguridad, también hay problemas operacionales.