Si solo está preocupado por proteger los archivos del programa, entonces podría usar TrueCrypt para crear un contenedor, montarlo como una nueva letra de unidad e instalar allí el administrador del portapapeles. De esta manera, si alguien roba su computadora, no tendrá acceso a estos archivos.
El cifrado completo del disco es, por supuesto, una opción mucho mejor, porque protegería todos los archivos en su disco duro, en caso de robo de hardware.
Por otro lado, asegurar un programa del que no se sabe nada es bastante complicado. No es suficiente impedir que el programa use la red. Cualquier otro programa que se ejecute en su sistema puede acceder a los archivos del administrador del portapapeles y enviarlos a través de la red. Así que tenga cuidado al instalar software de fuentes desconocidas.
Además de las recomendaciones generales de mantener actualizado su sistema y sus programas antivirus / antispyware / firewall, le aconsejo que utilice un simple Portapapeles, que ofrece solo la funcionalidad que necesita. Si es simple significa que menos cosas podrían salir mal.
Además, los administradores de portapapeles de código abierto populares tienen menos probabilidades de contener código malicioso, ya que todos podrían detectarlo al analizar los orígenes.