¿La rotación SSID impide el seguimiento o no?

No lo creo. Hay fuentes que indican que, además de recopilar el SSID, Google también está recopilando el BSSID.

  

La idea era tomar los SSID y los BSSID de los paquetes de datos recopilados y almacenarlos en una base de datos junto con la información sobre la ubicación donde se vieron los SSID y los BSSID.    Fuente

y

  

Google y otros como Apple y Skyhook construyen una base de datos que vincula WLAN BSSID a una ubicación geográfica. Un BSSID es como la dirección MAC de un punto de acceso que se transmite por ese punto de acceso.    Fuente

Por lo general, cambiar la BSSID de un punto de acceso no es algo que la mayoría de los puntos de acceso le permitan hacerlo, ya que está vinculado al MAC.