¿Por qué mis archivos cifrados con EFS en Windows 8.1 se muestran en Linux ubuntu?

Esto es normal. Así es como funciona EFS.

  

Aunque es común referirse a las carpetas de archivos con el atributo de cifrado establecido como "cifrado", la carpeta en sí no está cifrada. Cuando se configura el cifrado para una carpeta, EFS cifra automáticamente todos los archivos nuevos creados en la carpeta y todos los archivos copiados o movidos a la carpeta mediante Mi PC.

(Fuente: Microsoft TechNet: Uso del sistema de archivos cifrados ) (Archivado here .)

Es posible que desee utilizar el cifrado completo del disco como TrueCrpyt o el propio BitLocker en lugar de EFS.

EFS ZIPs
Edición: los archivos ZIP encriptados con EFS son una solución rápida y sucia.

  

Los nombres de archivos en carpetas cifradas no están protegidos. En realidad, cifrar el contenido de la carpeta significa aplicar automáticamente el cifrado a todos los archivos de la carpeta, no cifrar los datos del directorio en sí.

     

Dado que el propio nombre del archivo podría contener información confidencial, podría ser una violación de la seguridad. Una de las soluciones sería utilizar archivos .zip cifrados en lugar de carpetas, que Windows XP trata casi como carpetas. Por lo tanto, solo se necesita un archivo para cifrar y los datos archivados son más difíciles de descifrar.

(Fuente: NTFS.com: EFS - Sistema de archivos de cifrado. Archivos cifrados y carpetas (NTFS v. 3.0 y más reciente) (Archivado aquí .))