Como nmap realizará una exploración de ping en fragmentos de 4096 direcciones de host en, al menos, 2 puertos por dirección de host (corregidos gracias a @Trickycm), generará bastante tráfico, así que afectará a su otro tráfico de red en cierta medida, pero dependiendo de la cantidad de pings y de la tasa de pings en que esperaría que el impacto sea moderado.
Puedes agregar opciones para reducir el impacto:
--max-retries <tries>: Caps number of port scan probe retransmissions.
--host-timeout <time>: Give up on target after this long
--scan-delay/--max-scan-delay <time>: Adjust delay between probes
--min-rate <number>: Send packets no slower than <number> per second
--max-rate <number>: Send packets no faster than <number> per second