La funcionalidad del sitio web es segura y no permite que se ejecuten consultas arbitrarias en la base de datos.
Sin embargo, digamos que alguien obtiene acceso no autorizado al nombre de usuario y la contraseña de la base de datos MySQL (es decir, los que se usan en el URI de la base de datos).
No estoy seguro de si esto es lo que estás insinuando, pero no es suficiente que la funcionalidad del sitio web tenga que ser segura: todo el servidor que ejecuta la base de datos MySQL también tiene que ser seguro. Su sitio web puede ser tan hermético como quiera, pero, en el caso extremo, si la base de datos MySQL backend se está ejecutando en una IP de acceso público, y al escuchar las solicitudes de manera global, ese nombre de usuario y contraseña le permitirán conectarse y ejecuta todas las consultas arbitrarias que quieras.
Al omitir lo anterior, otros aspectos, como la reutilización de contraseñas y suponiendo que todo está "completamente" asegurado y bloqueado, entonces sí, esas credenciales no tienen ningún uso específico. Al igual que casi todas las estrategias en este dominio, mantenerlas en secreto es agregar una capa de seguridad en caso de que se encuentren vulnerabilidades que hagan que esas credenciales sean útiles.
En la práctica, bloquear esas credenciales debería ser bastante fácil. Entonces, si un atacante tiene en sus manos en primer lugar, la implicación es que su configuración definitivamente no es no segura, y es probable que haya una gran cantidad de otras vulnerabilidades aún por descubrir.