¿Cuáles son algunas buenas prácticas de diseño para el almacenamiento de certificados en varias plataformas?

Pregunta de la lista de desarrollo de Bouncy Castle:

  

Actualmente utilizamos el almacén de certificados de Windows como:

var store = new X509Store(StoreName.My, StoreLocation.LocalMachine);
store.Open(OpenFlags.OpenExistingOnly | OpenFlags.ReadOnly);
var certs = store.Certificates.Find(X509FindType.FindBySubjectName, subjectName,
true);

     

Nos gustaría cambiar a algo que sea más multiplataforma (especialmente Linux   compatible). ¿Cuáles son algunos buenos patrones de diseño para una cruz segura,   plataforma de almacenamiento de certificados? Necesitamos almacenar certificados RSA y EC   así como sus respectivas claves privadas (si existen en el   PFX protegido por contraseña).