Correcto, la principal diferencia es lo que se envía a través de la VPN. Obviamente, el navegador basado solo cubre los datos del navegador, mientras que la red basada en VPN debería cubrir toda la actividad de la red (dependiendo de la VPN y su configuración.
No olvide que con el complemento del navegador, es probable que las solicitudes de DNS se filtren , revelando parcialmente su actividad.
Aparte de eso, el cifrado en sí mismo y, por lo tanto, la seguridad del túnel pueden diferir ampliamente, dependiendo del tipo de VPN. Si su navegador "VPN" es, por ejemplo, el Opera VPN, es más un proxy que un VPN.
El tercero, consciente de su actividad también cambia. Con el complemento del navegador, los proveedores de dicho complemento pueden tener una idea de su actividad, mientras que con la VPN de la universidad, probablemente sepan lo que está haciendo.
Una VPN "basada en la red" depende en gran medida de la configuración, puede tener una VPN activa y conectada y no se envía nada a través del túnel, porque no está configurado de esa manera. Es una cuestión de enrutamiento y puertas de enlace predeterminadas, a partir de lo que se envía a través del túnel.
Hay bastantes diferencias y uno podría entrar en detalles en cada atributo, pero creo que el punto vital es, ¿qué quiere proteger y contra quién? A partir de ahí, puedes decidir qué tiene más sentido para ti.