Será difícil dar una respuesta satisfactoria porque depende de dónde se esconde el virus. En general, los buenos autores de malware son mejores en la búsqueda de lugares para esconderse que los analizadores de virus en la distribución de los mismos.
No soy experto en malware, pero para los fines de esta pregunta, dividiría el malware en las siguientes categorías:
- Se oculta en algún lugar del sistema de archivos, tal vez inyectándose en otra aplicación. El simple hecho de realizar una reinstalación completa de Windows debería solucionar este problema.
- Infecta el registro de arranque maestro. En este caso, deberá completar completamente el formato de todos los dispositivos de almacenamiento adjuntos, incluida la tabla de particiones y el MBR.
- Salta sobre la red. En este caso, volverá siempre que haya una máquina infectada en la red. Su mejor opción es volver a instalar y aplicar todas las actualizaciones de Windows (para parchar vulnerabilidades conocidas en los protocolos de red) anterior para conectar la máquina a su red (lo que suena como un catch-22 a menos que usted re bien con los cortafuegos).
- Infecta el firmware, como BIOS o memoria programable en cosas como tarjetas de red. No tengo idea de lo común que es esto, pero puedo imaginar que es posible y se volverá a infectar cuando Windows instale automáticamente los controladores de dispositivos.
Creo que un formato completo de partición de la unidad y la reinstalación se considera suficiente, pero si usted es un especialista de hojalata hasta el punto de preocuparse por los hacks de hardware / firmware, entonces necesita un nuevo hardware.
[Este no es mi experiencia, por lo que estoy abierto a comentarios.]