Depende del cifrado. Sin embargo, si utilizan el cifrado seguro moderno, no habrá forma de leer este tráfico desde el proxy.
Su mejor apuesta probablemente será instrumentar o monitorear la aplicación para que pueda ver los datos dentro de la aplicación antes de que se cifre. Alternativamente, puede ser posible modificar la aplicación para desactivar el cifrado o hacerlo menos seguro (por ejemplo, si está usando SSL, modifíquelo para que no verifique el certificado del servidor o para que acepte su certificado como una CA válida, y luego montar un ataque man-in-the-middle).
Es probable que todo esto implique cierta cantidad de ingeniería inversa en el código de la aplicación de Android, lo que puede requerir cierto trabajo si la aplicación ha sido ofuscada.