Si se necesita un canal estrecho y confiable (por ejemplo, hay una clave USB para tomar datos entre las máquinas), está bien.
Aunque SSH producirá un gran error si intenta conectarse a un servidor que pretende ser otro (la huella dactilar RSA no coincide), no puede suceder si los servidores no se conocen entre sí (tampoco saben cada uno clave también). En este caso, también antes de la primera conexión, es posible un ataque MitM, AFAIK.
Los mejores fueron una secuencia de comandos en ambos lados, que genera las claves necesarias en ambos lados.