El malware solo se puede ejecutar si algo lo carga y lo ejecuta. El malware en forma de un programa de Windows no se ejecutará a menos que inicie Windows o ejecute una capa de emulación de Windows en Linux. En este último caso, es poco probable (pero de ninguna manera imposible) que el malware tenga suficientes privilegios para hacer daño.
Sin embargo, es posible que el malware venga con Windows pero se ejecute fuera de él, ya que Windows es la plataforma del instalador de malware pero no la plataforma del malware en sí. El malware podría alojarse en el sector de arranque de su disco duro o incluso podría infectar su BIOS u otro firmware.
También es posible que el malware que se ejecuta en Windows acceda a su unidad de Linux (a menos que no esté conectado físicamente) e instale el malware de Linux allí.
Estas amenazas no son muy comunes. La compatibilidad con Linux no es una característica a la que apunta la mayoría de los autores de malware, y no hay mucho malware que infecte el hardware en la naturaleza. En la práctica, es poco probable que este tipo de malware surja en forma de un ataque no dirigido. Los ataques dirigidos son un asunto diferente; Si le preocupa que la NSA lo espíe, obtenga nuevo hardware (entre otras precauciones).