RSA es a menudo el algoritmo de elección, ya que ahora es bastante antiguo y ha sobrevivido debido a un gran escrutinio. No te puedes equivocar al elegirlo. La variante 256 es lo suficientemente buena como IMO, ya que el SHA256 está lejos de romperse.
Si le importa el tamaño del mensaje, lo que probablemente haga en JWT, es posible que desee utilizar ECC. Permite firmas significativamente más cortas a la vez que es tan seguro como RSA en teoría. En la práctica, el problema está en la implementación. En el pasado ha habido curvas con picos y muchos problemas con la implementación, como los ataques fuera de curva. Es más probable que la ECC tenga errores en la implementación de la OMI.
Los algoritmos PS están basados en RSA pero aparentemente se modifican para tener una prueba de reducción. No daría demasiadas existencias en la prueba y, como es relativamente nuevo y más complicado, las implementaciones pueden tener problemas. Yo no elegiría estos.
Al final, elegiría uno de estos dos según el nivel de seguridad que necesite. ES256 es probablemente la mejor opción para la mayoría de las aplicaciones web.
PS: De cualquier manera, obviamente debes asegurarte de que tu biblioteca jwt se esté actualizando de manera oportuna en caso de que existan correcciones de errores relacionadas con la seguridad.