La respuesta corta es: no hay una buena manera de proporcionar seguridad sólida si tu enemigo tiene la posesión física de tu PC. Solo tienes que aceptar eso como un hecho de la vida.
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Por ejemplo, si su enemigo tiene control físico sobre su PC, entonces puede retirar el disco duro de su PC y leerlo y escribirlo en el contenido de su corazón en su propia PC.
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Como otro ejemplo, el enemigo puede introducir subrepticiamente un registrador clave que registra todas sus contraseñas y otros golpes de tecla. Algunos registradores de claves son dongles pequeños y discretos que se ajustan entre su teclado y su PC, por lo que ninguna cantidad de bloqueo de la PC es suficiente para protegerse contra esa amenaza.
Ninguna de las respuestas propuestas en esta página web puede detener todos estos ataques.
Preguntaste sobre mitigaciones. No hay grandes mitigaciones, pero aquí hay algunos pasos imperfectos que puede tomar (además de los otros que se mencionan aquí):
Use un sistema de archivos cifrado. Cifre todo su sistema de archivos. TrueCrypt tiene un software que es gratis y bueno. PGP vende software que es bueno. Esto reducirá la ventana de oportunidad para que un enemigo acceda a tu disco duro. Algunas desventajas incluyen el hecho de que tiene que memorizar y usar una frase de contraseña larga. No funciona para servidores desatendidos (porque alguien tiene que estar cerca para ingresar la frase de contraseña cuando se inicia el servidor, y también una vez que se ingresa la contraseña, siempre que el servidor esté desatendido, un enemigo puede tener acceso a los datos).
Aplique la mayor seguridad física posible a la PC. Por ejemplo, cierre la caja, cierre la habitación en la que se encuentra, compre una alarma antirrobo, instale una cámara de video de vigilancia.
Hay cosas sofisticadas que puede hacer, como comprar módulos de seguridad de hardware (HSM) para almacenar sus claves criptográficas y usar hardware resistente a la manipulación, como una tarjeta inteligente o IBM 4758. Sin embargo, estas son técnicas exóticas que probablemente no cuestan -Efectivo en la mayoría de las configuraciones.