Uso la configuración estándar de Ubuntu eCryptfs para cifrar mi carpeta de inicio. Por lo que puedo decir, encripta los archivos y sus nombres, pero la jerarquía de directorios es esencialmente la misma.
Cada repositorio de git contiene la misma carpeta hooks con el mismo número exacto de archivos. El .git generalmente tiene la misma cantidad de archivos y carpetas. Debería ser posible escribir un pequeño script que busque los repositorios de git y le diga cuál es la carpeta hooks y así sucesivamente. Entonces, solo tiene posibilidades limitadas, cuál enganche es cuál, que podría verse incluso por el tamaño del archivo.
Entonces conoces el contenido de un archivo y la versión encriptada. ¿Eso haría factible descifrar el cifrado? ¿La única solución es un disco completamente encriptado con LUKS?