Si los patrones de datos reconocibles en el texto simple de alguna manera debilitan su cifrado simétrico, entonces su cifrado simétrico es basura pura y no debe usarse en absoluto. No haga que su formato de datos sea inconveniente y complejo solo para hacer frente a las (supuestas) deficiencias del algoritmo de cifrado; en su lugar, use un algoritmo que haga las cosas correctamente.
Es difícil decir más al respecto sin una descripción completa y precisa del algoritmo que utiliza. Sin embargo, en general, podemos decir que si es probable que no sepa lo suficiente para hacer las cosas correctamente (o al menos para saber si las hizo correctamente). Eso no es para depreciar sus habilidades: la criptografía es un tema muy especializado y tiene la característica única de no ser verificable. Nadie puede saber realmente si lo que implementaron es seguro ; pueden probar que funciona pero no que no pueda ser atacado.
Esto también se aplica a los criptógrafos entrenados. De hecho, lo que distingue a un criptógrafo entrenado de un desarrollador "ordinario" no es que el criptógrafo pueda diseñar e implementar un protocolo seguro por sí mismo; él tampoco puede. La verdadera diferencia es que el criptógrafo sabe que no puede hacer algo suficientemente seguro por sí mismo.
La salida de este problema es usar un protocolo establecido. Por ejemplo, si desea hacer un "cifrado simétrico", tome un estándar existente que haya sido investigado y analizado por muchas personas (por ejemplo, OpenPGP) ). Y luego, ni siquiera lo implemente usted mismo; en su lugar, use una biblioteca existente que también se haya revisado, de modo que la mayoría de los errores hayan sido extirpados (por ejemplo, GnuPG ).