La información de la que está hablando (UID, GID, timestamp, et.c) se almacena en el inodo del archivo. En los sistemas UNIX, el inodo se crea cada vez que se crea un archivo y almacena metainformación sobre el archivo. Al copiar un archivo del sistema A al sistema B, se crea un nuevo archivo en B, por lo que se crea un nuevo inodo para él. Este inodo ahora contiene información sobre el archivo en el sistema B, no sobre el archivo en el sistema A. Ambos inodos pueden ser completamente diferentes, dependiendo de qué usuario estaba ejecutando FTP, cuándo se cargó, etc.
Sin embargo, el archivo en sí podría contener información confidencial (como mencionó David Tonhofer), así que asegúrate de que no haya nada de eso.