Si está almacenando solo el hash en sí mismo como base64, esto no debería alterar materialmente la naturaleza unidireccional del hash o su protección del texto plano original.
Mientras no se incluyan otros datos de texto simple pre-hash o metadatos relacionados (que de alguna manera sugerirían un texto plano potencial), entonces una fuga de hashes codificados en base64 no sería más fácil de atacar que una fuga de los hashes originales.
Un atacante simplemente analizaría los datos, descubriría que consistía en cadenas base64, las convertiría de nuevo a su forma de hashes original y luego ejecutaría el ataque. Esto no ralentizará a la mayoría de los atacantes, pero tampoco facilitará las cosas para ellos.