Realmente no hace un poco de diferencia. La sal de ninguna manera debe mantenerse segura. Podría decirse que hay algunas ventajas de seguridad muy pequeñas para que permanezca en secreto (ya que proporcionaría cierta protección contra el descifrado de contraseñas triviales), pero si su seguridad depende de eso, entonces su seguridad está rota.
Además, es improbable que la diferencia entre estar en la misma columna y estar en una diferente sea un poco diferente si se compromete la base de datos. Podría ser mínimamente beneficioso colocar ambas en una columna cifrada, pero si son dos columnas cifradas o una no hace mucha diferencia tampoco.