En primer lugar, no hay nada inherentemente peligroso o ilegal (excepto quizás en jurisdicciones inusuales) sobre el uso de BitTorrent. Hay muchos clientes gratuitos por ahí, todos respetados y dignos de confianza.
BitTorrent se usa con frecuencia para distribuir grandes proyectos de código abierto, como archivos ISO para distribuciones de Linux. También es utilizado por compañías como Blizzard para distribuir actualizaciones de software.
BitTorrent no se puede usar de manera estrictamente anónima más que cualquier otro protocolo de Internet. Es decir, su dirección IP siempre está disponible para cualquier persona que se comunique con usted. Por supuesto, puede ganar cierta cantidad de anonimato cooptando la dirección IP de otra persona, como lo haría con TOR o conectándose desde un café público. Pero eso es un poco diferente de ser verdaderamente anónimo.
BitTorrent no fue diseñado para transferir datos de forma segura. Los datos se verifican en función de los hashes, lo que ofrece cierta seguridad contra la manipulación, pero los archivos son intrínsecamente públicos.