Sí. Lo que sucede es que algo se establece en el sistema, la casa de los teléfonos y luego se reinicia con un rootkit adecuado para el navegador o el sistema operativo.
Una vez comprometido, el atacante puede desplegar diferentes cargas útiles: este mes podría ser un minero de bitcoins, luego podría ser la inyección de anuncios en el navegador, sea lo que sea por lo que se les paga.
No siempre sucede, pero diría que es bastante común. Esto nos lleva a la conclusión de que para estar seguros de que su máquina no está comprometida, siempre se reconstruye, sin importar cuán leve sea la infección.