Una vez que una máquina está en peligro, ya no puede confiar en su función de "actualización de firmware" ya que no puede estar seguro de que realmente sobrescribe el firmware actual, malicioso. La única forma de estar seguro sería desoldar los chips de memoria y reescribirlos desde una computadora confiable o flashearlos a través de JTAG.
Por otra parte, esos ataques de actualización de firmware no son comunes a menos que sea un ataque dirigido, por lo que diría que no tienes nada de qué preocuparte a menos que tengas una prueba real de que tu enrutador estaba comprometido.