Tu pregunta difiere de la que aparece en tu publicación. ¿Es más seguro ? Sí, es más seguro ejecutar programas en una máquina virtual pero no es completamente seguro (nuevamente, ¿qué es?). Puede escapar de una máquina virtual si se utiliza una vulnerabilidad, en este caso dentro de VirtualBox.
También debe tener en cuenta que la configuración deficiente de la máquina virtual permitirá que el código malicioso se escape de la máquina virtual. Todo esto depende de ti.
Depende del malware en sí mismo lo que puedan causar. Puede variar desde el uso de la máquina o de la máquina virtual en una red de bots hasta la destrucción de todos los archivos en la computadora.
Editar Me llamó la atención, esta pregunta es un duplicado, vea esta respuesta para una respuesta más detallada a su pregunta.