Permítame usar una analogía: suponga que está vendiendo fregaderos de cocina. La instalación y el mantenimiento de un fregadero de cocina en ocasiones requieren la intervención de un plomero calificado. Su propuesta (instalar su certificado en las tiendas de "raíz confiable" de los sistemas cliente) es como decir: "¿Cómo hago para que mis clientes me envíen una copia de las llaves de sus puertas para poder enviar plomeros en cualquier momento? ".
A la mayoría de los clientes no les gustaría. El almacén de "raíz de confianza" es sensible . Presionar su propio certificado en esa tienda es pedir mucha confianza, le da mucha potencia y hace que la seguridad de la máquina quede subordinada a la forma en que protege la clave privada de su lado.
La forma agradable de hacer WCF es incrustar el certificado del servidor (o el certificado de su CA emisora) en el código de la aplicación, para que la aplicación pueda verificar que está hablando con el servidor correcto sin cambiar la configuración de todo el sistema. Esto implica usar un validador personalizado, como se describe allí .
Sin embargo, el método sugerido por @Stephane (comprar un certificado de una de las CA en la que ya confían la mayoría de los clientes) es más fácil y probablemente más rápido.