Suponiendo que el hash se está resquebrajando con técnicas de fuerza bruta, el hash del hash significaría que teóricamente necesitarás más tiempo y recursos para romper el hash debido al hecho de que necesitas ejecutar varias iteraciones del algoritmo.
Sin embargo, una vez dicho esto, si es el momento de buscar MD5, ciertamente no es el camino a seguir. Para hacer un hash lo más difícil de descifrar, recomiendo un "algoritmo lento" como PBKDF2 .
Al realizar múltiples iteraciones de PBKDF2, el proceso de descifrar el hash será tan lento (en relación con otros algoritmos) que será prácticamente imposible de descifrar el hash en un tiempo razonable.
Editar: cuando digo varias iteraciones no me refiero a 2 o 10, me refiero a miles o cientos de miles, dependiendo de la cantidad de tiempo aceptable que esté dispuesto a esperar para que se genere o compare un hash legítimo.