Realmente depende de la aplicación. La codificación exacta de la semilla no es tan importante; siempre que la aplicación sepa cómo descodificar los datos y calcular el TOTP a pedido.
Dependiendo del perfil de seguridad del servicio para el que se está autentificando, puede ser bastante relevante considerar el cifrado de la semilla. Vale la pena considerar cualquier servicio provisto por el SO, pero no es a prueba de balas.
Debes considerar si quieres poder recuperar la semilla, por ejemplo. si el usuario cambia de teléfono o restaura una copia de seguridad; Y como recuperas la semilla. Si es recuperable, puede explotarse para filtrar la semilla.