Los nazis tenían libros de códigos físicos que distribuirían. Determinarían la configuración de Enigma para el día. Luego, utilizando esos ajustes, cada mensaje comenzaría con una clave de mensaje que establece los ajustes iniciales del rotor para el resto del mensaje. Estos fueron útiles como cunas para separar mensajes, ya que todos los mensajes que los nazis enviaron durante un día comenzaron a usar la misma clave.
La marina alemana utilizó los códigos Enigma más difíciles de descifrar. Fueron muy disciplinados sobre el uso de las llaves, sus máquinas Enigma tenían un rotor adicional y no producían tantos mensajes por día como la fuerza aérea o el ejército. Y sus libros de códigos usaban tinta soluble en agua, por lo que si abandonaban el barco, todo lo que alguien tenía que hacer era tirar el libro de códigos por la borda, lo que es vergonzoso porque nadie lo hizo cuando los británicos capturaron el U-110 el 9 de mayo de 1941. Y porque no podían distribuir nuevos libros de códigos a la armada sin recordar a toda la flota a puerto, los alemanes tuvieron que usar códigos comprometidos durante el resto del mes, lo que le dio a los británicos una gran idea de cómo operaban.
Los mensajes enigma se rompieron básicamente con fuerza bruta. Los británicos tenían dispositivos electromecánicos llamados "Bombes", que eran básicamente dispositivos que marcarían cada permutación de la clave Enigma hasta que aparecieran con texto plano. Estos fueron asistidos por los criptoanalistas que deducirían un posible texto simple para un determinado texto cifrado, llamado cunas. Estas cunas reducirían sustancialmente el número de claves para buscar si fueran correctas. Contrariamente a la creencia popular, los británicos no inventaron la primera computadora electrónica para romper el Enigma, sino una clave diferente, más compleja, utilizada por el alto mando alemán.