Hay algunas variables a tener en cuenta. En primer lugar, no es trivial acceder a las particiones de Linux. Principalmente porque, de forma nativa, Windows no admite ext3 o ext4, que se utilizan para instalar Linux. Sin estos controladores es imposible acceder a las unidades. El malware, normalmente, no tendrá controladores de lectura / escritura integrados para estos sistemas de archivos.
Aunque es muy inverosímil, no es imposible. Para evitar que su partición de Windows vea Linux, deberá cifrar su partición de Linux con LUKS . Para evitar que su Linux acceda a su partición de Windows, debe cifrar su partición de Windows con Truecrypt (cifrado completo del sistema).
La parte difícil aquí es configurarlo todo. Encontré un buen artículo en aquí que detalla cómo puede configurar dicho sistema.